Le nom du village, tel qu’il apparaît en 1155 (de Amenicis), est le résultat d’une évolution complexe, selon Ernest Nègre. Sans certitude, il avance que le nom vient de l’occitan liso (limon), et marga (boue), qui aurait donné lis Oumergue, ou leis Amergue, le lis ayant été interprété comme un article. Le suffixe -enicis est une latinisation postérieure.
La toponymie des Omergues est celle d’une commune de montagne. On trouve ainsi des oronymes courants : Piedmichel (de podium, « hauteur » en latin), le Plan de Serres et la crête des Serres, où Serre est une crête allongée, hérissée, comme une lame de scie, et le dérivé local Sarriard, la Côte d’Engra.
L’ubac de Lure est nommé la crête de la Faye, d’après le nom du hêtre en vieux français ; en face de cette crête, on trouve le hameau l’Adret (au pied de la montagne de la Palle). De manière moins lisible, les toponymes Vente Brenc (ubac de Lure) et Ventecul (sommet qui domine le col de la Pigière, sur la RD 546), sont tous deux des toponymes pléonastiques : vent- désigne un sommet en langue pré-celtique. Le sens ayant été oublié par les Gaulois, le nom est doublé par les racine oronymique br-en, qui signifie colline en celtique ou Ku-.
Dans l’Antiquité, les Sogiontiques (Sogiontii) peuplent la vallée du Jabron, en étant fédérés aux Voconces. Après la Conquête, ils sont rattachés avec eux à la province romaine de Narbonnaise. Au IIe siècle, ce peuple est détaché des Voconces et forme une civitas distincte, avec pour capitale Segustero (Sisteron).
Au Moyen Âge, alors que le sud-est de la Gaule était une terre burgonde, le roi des Ostrogoths, Théodoric le Grand, fait la conquête de la région entre la Durance, le Rhône et l’Isère en 510. La commune dépend donc brièvement à nouveau de l’Italie, jusqu’en 526. En effet, pour se réconcilier avec le roi burgonde, Godomar III, la régente ostrogothe, Amalasonte, lui rend ce territoire.
La localité apparaît pour la première fois dans les chartes en 1155. L’ordre du Temple y avait des biens, qui furent attribués à l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem. La maison des Hospitaliers, établie aux Omergues dépendait de celle de Lardiers. La communauté relevait de la baillie de Sisteron, et comme toutes les communautés de la vallée du Jabron, avait le privilège de ne pas payer la queste aux comtes de Provence (puis à leurs successeurs, les rois de France), jusqu'à la Révolution.
La communauté de Villesèche est signalée dans les chartes dès 1082. Au XIIe siècle, l’église Saint-André de Villesèche, sur l’adret de Lure, était un prieuré de l’abbaye Saint-André de Villeneuve-lès-Avignon. Elle dépendit ensuite des Hospitaliers (commanderie de Manosque, dès 1155). La communauté de Saint-André, bien que séparée de celle des Omergues, par la montagne de Lure, est absorbée par celle des Omergues, à la fin du XVe siècle, ou au début du XVIe siècle.
Lors de la peste de 1628-1630, un cordon sanitaire est mis en place le long du Jabron.
Lors de l’épidémie de peste de 1720-1722, Les Omergues est située au nord de la ligne du Jabron, élément du cordon sanitaire allant de Bollène à Embrun, et isolant la Provence du Dauphiné (et dont fait partie le mur de la peste). Dès la fin août, des mesures de fermeture des routes principales et de quarantaine sont prises par la communauté. L’interdiction de franchir le Jabron, sous peine de mort, est décidée par le gouverneur d’Argenson début août, et le cordon est mis en place le 26 septembre, pour n’être levé par ordonnance royale que le 19 novembre 1722.
Le gouverneur d’Argenson, fait lever une compagnie de milice par viguerie : celle de Sisteron (dont font partie les hommes des Omergues), surveille les bacs entre Le Poët et Peyruis. Ensuite, quatre autres compagnies sont levées pour d’autres tâches de surveillance). Aux Omergues, la ligne sur le Jabron est surveillée par deux compagnies (une centaine d’hommes), du régiment de Poitou revenant d’Espagne, à partir de la fin d’octobre 1720. Les soldats sont renforcés, par une dizaine d’hommes levés dans la population des Omergues (en plus de ceux envoyés à la compagnie de milice, placée sur la Durance).
La communauté des Omergues est requise pour construire des corps de garde pour loger les soldats le long de la ligne (quatre sont prévus des Perrichauds aux confins de Séderon), et les approvisionner en bois de chauffe et huile pour l’éclairage, avec en moyenne 70 stères par corps de garde, et par an. Finalement, neuf corps de garde sont construits, et 29 guérites placées dans les intervalles, à une moyenne de 250 m. La communauté des Omergues est coupée en deux par la ligne : certains habitants au Sud de la ligne, se retrouvent en zone interdite, et ne paient donc plus leur participation aux charges de la communauté. En outre, la communauté est privée de ses ressources en bois, essentiellement situées dans la montagne de Lure, et certaines terres cultivables, sont perdues pendant deux ans. Les sacrements religieux ne sont plus dispensés : les baptêmes de 1720-1722 sont enregistrés dans les registres de catholicité en une seule fois, fin 1722. La communauté subit aussi les désagréments de la présence des militaires : les livraisons de bois n’étant pas toujours suffisantes, ceux-ci se servent à proximité, en coupant les arbres fruitiers complantés dans les champs proches des corps de garde. Ces désagréments n’empêchent le rapprochement entre la population des Omergues et les soldats : certains enfants nés en 1721-1722 ont un soldat comme parrains. En novembre 1721, un an après la mise en place de la ligne du Jabron, les approvisionnements manquent en certaines denrées : un soldat en profite pour passer de l’huile en contrebande. Pris sur le fait, il est fusillé. Fin janvier 1722, le régiment du Poitou, présent depuis un an, est relevé mais la ligne est maintenue jusqu’en décembre. Les baraques et guérites sont immédiatement démontées, et le bois et les tuiles vendues aux enchères.
Durant la Révolution, la commune compte une société patriotique, créée après la fin de 1792.
La paroisse de Villesèche, est rattachée à la paroisse des Omergues au XIXe siècle. C’est également au cours de ce siècle que le village se transfère dans la plaine et abandonne son ancien site perché, appelé Vière depuis. Ce déplacement est facilité par la construction de la route, à partir des années 1850. En effet jusque-là, le chemin de viguerie, puis la route départementale s’arrêtaient à Saint-Vincent-sur-Jabron.
Une route nationale est construite, par le col de Lun à l’Est, et le col de la Pigière à l’ouest. Elle est progressivement améliorée, le col de Lun est abandonné pour un tracé dans la vallée du Jabron, passant par la cluse des Baumes entre Montfroc et Les Omergues, en 1873. Enfin, elle est goudronnée dans les années 1930. Dans le sens nord-sud, le chemin muletier passant par le Pas de Redortiers, est longtemps utilisé, mais n’est jamais aménagé en route.
En 1884, le village est presque entièrement dépeuplé, par l'épidémie de choléra : seul un enfant survécut (surnommé « Lou Reste dou coulera »). Les premiers cas survinrent en août : le bilan d’une trentaine de morts au 17 août, suscita l'envoi de sauveteurs de Sisteron. Le maire se contente de fuir l'épidémie, et est suspendu par arrêté préfectoral.
L’électrification du village à la fin des années 1930 par raccordement au réseau national, les hameaux étant reliés plus tard.
